En 2062, une mission spatiale envoyée sur mars se méprend sur les intentions des habitants de cette planète et les attaque. Les Mystérons, qui ont certaines avances technologiques sur la Terre, déclarent la guerre, et se servent de leurs pouvoirs pour faire du Capitaine Scarlet, un officier du Spectrum (une organisation militaire vouée à la défense du globe, disposant d'énormes ressources et d'armes sophistiquées) un agent d'infiltration indestructible.
Suite à un accident, cependant, les Mystérons perdent leur emprise sur le Capitaine Scarlet qui conserve malgré tout sa nouvelle capacité à se rétablir de presque n'importe quelle blessure.
L'indestructible Capitaine Scarlet est désormais l'une des armes les plus puissantes à la disposition du Spectrum dans sa lutte contre les Martiens.
Synopsis écrit par Vincent Goudreault